Свою карьеру Эль-Хаддади начинал в мадридской команде "Галапагар", а затем в "Санта-Ана". Скаутов "Барселоны" Мунир привлек к себе уже играя в клубе "Райо Махадаонда", где он забил 32 гола в 29 матчах. В итоге в 2011 году испанец марокканского происхождения оказывается в "Барсе", начав сезон 2011-2012 под руководством Гарсии Пимьенты в команде до 17 лет. Именно отсюда начинается стремительный взлет Мунира в ближайшие три года.

     Он стал чемпионом с командой до 17 лет, а затем и в следующей возрастной категории до 18 лет. В сезоне 2012-2013 Мунир чередовал свои выступления за команды до 17 лет и до 18 лет, а в следующем году уже за команду до 18 лет под руководством Жорди Виньялса и "Барселону Б", возглавляемую Эусебио Сакристаном. За вторую команду клуба Эль-Хаддади дебютировал 1 марта 2014 года в возрасте 18 лет и 181 дней. Всего за "Барселону Б" он провел 11 матчей, в которых отличился четырьмя голами.

     Но настоящим прорывом для Мунира стал розыгрыш первой в истории Юношеской лиги УЕФА, где с "Барселоной" он стал обладателям трофея и лучшим бомбардиром турнира с 11 голами. Украшением финального матча против португальской "Бенфики" (3:0) стал его гол из центрального круга. Также Мунир стал лучшим ассистентом турнира, сделав пять результативных передач.

     Подготовку к сезону 2014/15 Эль-Хаддади начал в составе главной команды, став лучшим голеадором "Барселоны" в предсезонных матчах. Свой дебют Мунир совершил уже в матче первого тура Примеры против "Эльче", забив на "Камп Ноу" один из трех голов в ворота соперника.